В ядрах до 2.6.29 (не уверен!) этот протокол собирался отдельным модулем, поэтому его выключение было возможно помещением в /etc/modprobe.d/blacklist строчку blacklist ipv6.

В ядрах 2.6.30 протокол ipv6 собирался уже на уровне ядра и отключение его подразумевало пересборку ядра без оного.

В ядрах 2.6.31 хоть протокол и размещается в ядре, но предусмотрена возможность отключить его опцией при запуске ядра:

В GRUB’е первом ищем /boot/grub/menu.lst и дописываем строчку запуска ядра (кроме обычных опций ro quiet splash) ipv6.disable=1. Перегружаем компутер и проверяем ifconfig.

В GRUB2 идём в /etc/default/grub и ищем строчку с опциями по умолчанию «quiet splash» и дописываем опцию ipv6.disable=1. Должно получиться вот так: «quiet splash ipv6.disable=1».
И запускаем:

$ sudo update-grub

Перегружаем компутер и проверяем ifconfig.

Теперь я не отключаю ipv6, а просто запрещаю его iptables’ом.

$ ip6tables -S
-P INPUT DROP
-P FORWARD DROP
-P OUTPUT DROP
-A INPUT -i lo -j ACCEPT
-A OUTPUT -o lo -j ACCEPT